Science:科學(xué)家發(fā)明DNA“錄音機” 可存儲細胞記憶
2015-3-7 15:27:37 點擊:
如果細胞會說話,它們應(yīng)該有很多故事可以告訴我們。它們遇到過哪些分子,它們向鄰居傳遞過哪些信號,它們是如何成長和改變的。研究人員雖然還沒能讓細胞真正開口說話,但是他們已經(jīng)發(fā)明了一種DNA“錄音機”,通過DNA序列存儲數(shù)據(jù)。DNA“錄音機”可以記錄細胞幾個星期的生活史,描述出細胞各種各樣的記憶。相關(guān)研究發(fā)表在11月13日的《科學(xué)》雜志上?茖W(xué)家們預(yù)想,這一穩(wěn)定的、可擦除且易于檢索的記憶,將會特別適合于諸如環(huán)境和醫(yī)學(xué)監(jiān)測傳感器等應(yīng)用。
領(lǐng)導(dǎo)該研究的麻省理工學(xué)院的合成生物學(xué)家Timothy Lu說:“我們希望細菌可以有一個收集更多信息的記憶系統(tǒng),那么問題來了,這樣的記憶系統(tǒng)是什么樣的呢?”
Lu的團隊設(shè)定了一個生物程序?qū)罴毎腄NA進行重寫。一旦DNA被重寫了,即便到細胞死亡的時候,信息依然會存在于遺傳物質(zhì)中。通過測定含有這種重寫DNA的細胞中基因的數(shù)量,研究人員可以確定信號持續(xù)的時間和強度。含有突變基因的細胞越多,表明信號越強、越久。
Lu在他改造的響應(yīng)光信號和其它常見生物試劑的細胞中測試了SCRIBE。其中一個成功的例子是,SCRIBE成功的讓抗生素抗性基因突變的細胞響應(yīng)光信號的記憶變得特別容易讀取。當細胞生長在抗生素存在的環(huán)境中時,研究人員可以立刻看到哪些細胞包含新的突變基因。結(jié)果還可以通過細菌基因組測序來驗證。
波士頓大學(xué)的生物醫(yī)學(xué)工程師Ahmad Khalil說:“他們做了非常特殊的工作,將DNA轉(zhuǎn)化為可讀的形式,書寫活細胞的記憶。我覺得這是合成生物學(xué)一個非?岬男路较颉!
在過去,研究人員通過打開或關(guān)閉響應(yīng)刺激的蛋白的產(chǎn)生,將細胞轉(zhuǎn)化成簡單的傳感器。 但是每個開關(guān)只能記錄一項簡單的信息,即細胞是否在相應(yīng)的刺激中暴露過,但不能揭示暴露的時間和程度。
領(lǐng)導(dǎo)該研究的麻省理工學(xué)院的合成生物學(xué)家Timothy Lu說:“我們希望細菌可以有一個收集更多信息的記憶系統(tǒng),那么問題來了,這樣的記憶系統(tǒng)是什么樣的呢?”
Lu的團隊設(shè)定了一個生物程序?qū)罴毎腄NA進行重寫。一旦DNA被重寫了,即便到細胞死亡的時候,信息依然會存在于遺傳物質(zhì)中。通過測定含有這種重寫DNA的細胞中基因的數(shù)量,研究人員可以確定信號持續(xù)的時間和強度。含有突變基因的細胞越多,表明信號越強、越久。
這種方法被稱為Synthetic Cellular Recorders Integrating Biological Events (SCRIBE),依靠的是反轉(zhuǎn)錄子(retrons),反轉(zhuǎn)錄子組成一些細菌的遺傳系統(tǒng),產(chǎn)生單鏈DNA;細菌通常用單鏈DNA改變它們的宿主。Lu的團隊在細菌的細胞中插入一個反轉(zhuǎn)錄子,只有當細菌響應(yīng)特定的刺激(如化學(xué)物質(zhì)、光)時,該反轉(zhuǎn)錄子才會開啟,產(chǎn)生特定的DNA。
Lu在他改造的響應(yīng)光信號和其它常見生物試劑的細胞中測試了SCRIBE。其中一個成功的例子是,SCRIBE成功的讓抗生素抗性基因突變的細胞響應(yīng)光信號的記憶變得特別容易讀取。當細胞生長在抗生素存在的環(huán)境中時,研究人員可以立刻看到哪些細胞包含新的突變基因。結(jié)果還可以通過細菌基因組測序來驗證。
Lu說:“SCRIBE系統(tǒng)還有很多潛在的應(yīng)用,比如長期記錄一種細胞的生存環(huán)境;罴毎梢运h(huán)境中放上一周,然后收集起來,再測定細胞的DNA,然后判斷細胞所處的環(huán)境是否含有某種細菌或者毒素。SCRIBE還可以用于推動基礎(chǔ)研究。當你從單細胞變成多細胞組織,每個細胞都遇到了不同的信號。SCRIBE可以讓研究人員知道,每個細胞是如何來塑造自己的命運的!
波士頓大學(xué)的生物醫(yī)學(xué)工程師Ahmad Khalil說:“他們做了非常特殊的工作,將DNA轉(zhuǎn)化為可讀的形式,書寫活細胞的記憶。我覺得這是合成生物學(xué)一個非?岬男路较颉!
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